５千円からお預かりいたします。３千円のおつりでございます。
"Out of 5,000 yen (note). Here's your change, 3,000 yen."
According to 明鏡国語辞典...
あずかる【預かる】
➍《「○○円からー」の形で》〔俗〕売り手が釣り銭の必要な代金をいったん手元に引きとる。「千円からお預かりします」▹近年、コンビニなどから出た言い方。「まずは○○円から、仮に預かる」という気持ちで言っていると思われる。
So... 「○○円から預かる」 seems to be a pretty new and slangy usage. (But 「○○円(を)預かる」 doesn't sound slangy, as discussed in the comments below.) The dictionary says it's probably used in the sense of "First, I'll keep (hold of) ¥○○ tentatively."
